弱磁场磁选机与强磁场磁选机的磁系结构有以下不同：
(1)弱磁场磁选设备多采用开放型磁系，而强磁场磁选设备多采用闭合型磁系。所谓开放型磁系，就是磁极并列相邻配置，而且磁极之间不加任何感应铁磁介质的磁系。如筒武磁选机的放射状磁系、脱泥槽的塔形磁系、带式磁选机的平面磁系都是开放型磁系。由于磁通从N级出发，要绕过较长的空间回到S极，磁通较分散，气隙的磁阻大，因此选别空间的磁场强度较低，磁场梯度也较小。与开放型磁系相反，强磁场磁选设备多采用闭合型磁系，即磁极面与面相对配置，同时还常常在磁极间放置各种形状的感应铁磁介质(如铁盘、铁辊、齿板、铁球及钢毛等)，它们成为铁磁路的一部分。这样的磁系的选别间隙或为单层或为多层，但间隙都很小，磁通大体是直行的，受到的阻力小，且磁通较集中，磁通密度大，因此磁场强度高；同时感应磁极表面曲率较大，形成较高的磁场梯度。因为对磁性矿粒产生的磁力等于磁场强度与磁场梯度的乘积，所以强磁场磁选机能产生很大的磁力。
(2)弱磁场磁选设备多采用永磁铁做磁源，主要是从节能出发。而强磁场磁选设备多采用电磁磁源，这是因为电磁磁源的磁场强度可以设计得很高，而一般永磁铁的磁场强度较低，可能达不到要求的磁场强度。采用永磁铁的强磁场磁选机，需采用新型高效永磁铁。